细菌基因组测序包括了从头（de novo）测序和重测序。从头测序对细菌基因组进行从头组装的方法。基于组装结果，我们可以预测细菌基因组中所包含的基因，并通过功能数据库比对获得基因的功能信息。重测序是是基于高通量测序数据，与近缘参考基因组进行比对，进行变异检测的方法。通过重测序可以获得目标基因组对于参考基因组的SNP、InDel、SV等一系列变异信息，从中尝试对基因组之间的性状差异进行解析，或作为标记进行大规模的进化分析。

真菌的 de novo 测序是基于高通量测序数据对真菌基因组进行从头组装的方法。基于组装结果，我们可以预测真菌基因组中所包含的基因，并通过功能数据库比对获得基因的功能信息。真菌重测序是与近缘参考基因组进行比对，进行变异检测的方法。通过重测序可以获得目标基因组对于参考基因组的 SNP、InDel、SV 等一系列变异信息，从中尝试对基因组之间的性状差异进行解读，或作为标记进行大规模的进化分析。